Сын Мельци — Орацио — ничего не знал о ценности этих бумаг, и после смерти его отца все рукописи, рисунки и чертежи Леонардо были свалены на чердак и забыты. Но вскоре о них узнали. Началось долгое и печальное скитание наследия Леонардо по разным рукам, городам и странам.
Рукописями и рисунками Леонардо стали торговать случайные люди; их дарили и завещали. Несколько томов попали в руки домашнего учителя литературы в доме Мельци Лелио Говарди. Говарди решил продать их герцогу Тосканскому, но тот внезапно скончался.
Позже Говарди под влиянием своего родственника Маццента решил возвратить рукописи их владельцу — Орацио Мельци — и поручил сделать это самому Маццента. Мельци же в благодарность за честность все рукописи подарил Маццента.
Из семьи Маццента рукописи разошлись по разным лицам. Один том, переплетенный в красный бархат, в 1603 году Маццента подарил кардиналу Федериго Борромео, основателю знаменитой Амброзианской библиотеки в Милане, куда кардинал передал подаренный ему том Леонардо. Он сохранился до нашего времени и сейчас находится в Париже.
Три другие тома рукописей, оказавшихся у Маццента, попали в руки итальянца Леони. Он составил из них один большой том, который носит название: Атлантический кодекс. Этот объединенный том также существует по сей день.