Период спячки может длиться несколько месяцев в зависимости от возвращения паводковых вод. Пока вода еще не высохла, рыба время от времени поднимается, чтобы глотнуть поверхностного воздуха. Впоследствии придонный ил и грунт выбрасываются наверх, образуя холмик, своего рода колпачок над входом в нору. При высыхании он становится пористым, пропуская достаточное количество воздуха, для того, чтобы поддержать жизнь спящей рыбы. Воздух поступает к рыбе через отверстие кокона, которым она уже окружена к этому моменту.
В поисках деликатесов для своего стола местные жители выходят на рыбную ловлю с мотыгами. Холмики, напоминающие кучки земли, оставляемые кротом, указывают на места спячки рыб. Обнаружив это место, кокон с рыбой выкапывают из земли. Рыб этого вида слишком много, чтобы такие поиски кулинарных деликатесов могли привести к полному уничтожению вида: число остающихся в живых громадно. Весенних дождей обычно бывает вполне достаточно для того, чтобы привести паводковые воды в эти районы. Тогда рыбы выходят из своих нор и очень скоро начинают рыть новые — для нереста. Гнезда для нереста отличаются от нор-спален по форме и по числу входных отверстий, но все они почти горизонтальные, слегка наклоненные вниз, цилиндрические «штольни», выедаемые в буквальном смысле слова в береге реки. Входное отверстие в гнездо прорывается в береге реки на уровне дна потока. Нередко роется еще одна или даже несколько такого рода «штолен», а некоторые из них выходят прямо на поверхность земли среди корней болотных растений.
Имеющиеся в нашем распоряжении данные указывают на то, что гнезда роет самец, который потом загоняет туда одну или несколько самок для икрометания. Во время эмбрионального развития личинок самец сторожит их. Личинки в нерестовой камере обнаруживают различные стадии развития, что свидетельствует либо о том, что одна и та же самка откладывает икру с некоторыми интервалами, либо же о том, что икрометание производится последовательно несколькими самками
Самец сторожит гнездо до тех пор, пока все личинки, похожие на головастиков, не покинут нерестовую камеру. Покинув камеру, они в течение некоторого времени плавают только рядом с нею, скрываясь туда при малейшей опасности.
Протоптерус темный обитает в болотистых местностях, покрытых травой и кустарниками. Общей чертой всех этих местностей является то, что слой подземной воды сохраняется во время сухого сезона. Когда поверхностные воды начинают летом убывать, протоптерус темный, как и его сородичи, исчезает, но, погружаясь в придонную грязь, он достигает такого места, где ил становится все более и более жидким, и, наконец, оказывается в слое подземной воды. На расстоянии приблизительно полуметра под поверхностью придонной грязи наклонный проход переходит в вертикальный. Толкая грязь снизу, протоптерус завершает проход созданием колпачка над входом. Устроившись в подземном иле, рыба проводит сухой сезон, не создавая кокона, поднимаясь по своим проходам время от времени наверх, чтобы подышать свежим воздухом.
